兩者常被一起討論，但在臺灣《菸害防制法》底下，它們屬於兩種不同的管制對象，處理方式也不一樣。以下從原理、法規、風險三個面向比較。
一、工作原理不同
- 電子煙：以電子霧化器加熱煙油（含丙二醇、甘油、香料、尼古丁）產生氣霧，不含菸草。
- 加熱菸：以加熱器將填裝的菸草柱加熱到約不燃燒的溫度，產生含尼古丁的煙霧，原料仍是菸草。
因為加熱菸使用的是菸草，它在法律上被歸類為「菸品」的一種；電子煙不含菸草，因此另立為「類菸品」處理。
二、法規定位：禁止 vs. 審查
| 項目 | 電子煙（類菸品） | 加熱菸（指定菸品） |
|---|---|---|
| 法律定位 | 類菸品 | 指定菸品 |
| 管理方式 | 全面禁止製造、輸入、販賣、供應、展示、廣告、使用 | 須經衛福部健康風險評估審查通過，始得製造、輸入、販售 |
| 主管機關 | 衛生福利部（地方為衛生局） | 衛生福利部、財政部（地方為衛生局、財政稅務局） |
| 使用未核准品 | 2,000 元至 1 萬元罰鍰 | 2,000 元至 1 萬元罰鍰 |
| 違法販賣 | 20 萬元至 100 萬元罰鍰 | 20 萬元至 100 萬元罰鍰，並可能依《菸酒管理法》論處 |
關鍵差異在於：加熱菸「有機會」合法，前提是通過健康風險評估審查；電子煙則沒有這個選項。實務上，各地方政府仍持續查緝未經審查通過的加熱菸，例如台南市政府財政稅務局 2025 年度與保三總隊第二大隊執行聯合查緝，查獲尚未經健康風險評估審查通過的加熱菸 7,000 餘包。
因此「加熱菸在超商買得到」這類說法需要特別小心：能否合法販售取決於該產品是否已通過審查，而市面上流通的多數產品並未通過。
三、風險比較
加熱菸因為不燃燒，部分燃燒產物可能較少，但它仍然輸送尼古丁，同樣具有成癮性，也會產生二手煙霧。世界衛生組織與我國衛教資料的立場一致：加熱菸不是安全產品，也不是戒菸替代品。
- 兩者都含尼古丁，都會成癮，都會影響青少年腦部發育。
- 兩者都會產生二手暴露，對同住家人、車內乘客與孩童造成影響。
- 加熱菸同樣需負擔菸酒稅與健康捐，未經核准流通者另涉私菸問題。
四、讀者可以怎麼做
- 查證產品是否通過健康風險評估審查，以衛生福利部公告為準，不要相信賣家口頭說法。
- 不論使用哪一種，出現不適都應停止並就醫。
- 想降低依賴，請使用 0800-636363 戒菸專線或合約醫事機構服務。
本文為一般性資訊整理，不代表政府公告或個別法律意見；法規與審查結果以衛生福利部、財政部最新公告為準。